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        茶樹幼根cdna文庫構(gòu)建及其表達(dá)序列標(biāo)簽特性分析

        發(fā)布時間:2024-08-12
        以茶樹龍井43實生苗新生幼根為材料,應(yīng)用pbluescript ii xr cdna library construction kit,構(gòu)建了我國第一個茶樹幼根cdna文庫。測試結(jié)果表明原始文庫的滴度為1.85×10^7pft/ml,重組率為85.7%,插入片段絕大多數(shù)分布在1.0-1.5kb左右。隨機(jī)挑選5115個克隆進(jìn)行序列測定,去除空載體和插入片段短于150bp的序列后,獲得有效序列4833個,經(jīng)過序列拼接后共獲得3482條表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequencetags,est),包括901個contigs和2581個singletons。通過與ncbi等非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對、查詢和注釋,獲得已知功能基因或具推測功能的est共1376個,代表943個茶樹功能基因,421個est為未知功能基因,1685個est為新的表達(dá)基因。這些數(shù)據(jù)將為將為我們從分子水平上更好地了解、研究、調(diào)控茶樹的生理代謝、生長發(fā)育和品質(zhì)等提供極有價值的資源。完成機(jī)構(gòu):中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所茶樹資源與改良研究中心、國家茶樹改良中心,杭州310008
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