生物指示劑在應(yīng)用過程中貫穿了整個滅菌工藝驗(yàn)證的流程。滅菌工藝驗(yàn)證又涵蓋了滅菌工藝開發(fā)以及滅菌程序確認(rèn)兩部分類容。常用的生物指示劑在進(jìn)行生物監(jiān)測指征，因?yàn)樯镏甘緞┦强梢宰顬橹庇^的反應(yīng)出微生物在經(jīng)歷滅菌后的存活程度，當(dāng)然生物指示劑的應(yīng)用領(lǐng)域并不僅僅局限于滅菌監(jiān)測過程中使用。
生物指示劑也可以應(yīng)用于對滅菌設(shè)備性能確證的輔助過程中，以及應(yīng)用在特定物品的滅菌工藝研發(fā)過程中。
生物指示劑也應(yīng)用于終包裝以及終容器內(nèi)產(chǎn)品的滅菌工藝驗(yàn)證，當(dāng)然可應(yīng)用于無菌過程所使用的滅菌設(shè)備、滅菌材料以及包材組分滅菌工藝的驗(yàn)證。
生物指標(biāo)應(yīng)用于已驗(yàn)證滅菌程序的定期再驗(yàn)證，生物指示劑還應(yīng)用在隔離器和無菌潔凈室滅菌工藝的驗(yàn)證評估過程中。